黎明叛乱后，夏尔前往地球并遇到了一位拥有神秘力量的女孩拉拉·苏恩。 与此同时，阿姆罗的父亲 Tem Ray 正在致力于 RX-78 开发项目。得知吉恩机动战士开发关键人物米诺夫斯基博士叛逃后，他前往月球。历史上第一场机动战士之间的战斗在月球表面的暮色地带展开。 接下来是宇宙世纪0079，距离地球最远的太空都市SIDE 3以吉恩公国的名义向地球联邦政府发动独立战争。 一个暴力动乱的时代开始了，一半的人类人口将被杀害……