FBI 助理局长沃尔特·斯金纳 (Walter Skinner) 是一起谋杀案的头号嫌疑人，他在案发当晚与一名女子在一起。穆德 (Mulder) 和斯卡利 (Scully) 是他证明自己清白的唯一手段，上级官员试图阻止他，唯一的线索是神秘的老妇人《X档案》第三季于1995年9月22日首播，由克里斯·卡特编剧，大卫·杜楚尼和吉莲·安德森主演。本季一共包含24集，继续探索联邦调查局特工穆德和斯嘉丽的超自然调查之旅。在本季中，穆德和斯嘉丽调查了各种奇怪的案件，包括出现在后院的奇怪生物、神秘的黑油、天花病毒的传播和古老的人造智能生命体等。同时，他们还被迫与X计划，一项涉及外星人和政府的阴谋进行斗争。在本季的精彩剧情中，穆德和斯嘉丽在深入调查时受到了各种威胁，包括遭到黑手党追杀、被政府机构盯上和受到来自未知生物的攻击。他们不仅需要应对外部威胁，还要面对内部困扰。斯嘉丽的家庭背景和穆德对X计划的信念等，都成为了他们在工作中的障碍。《X档案》第三季在科幻、悬疑、惊悚等方面的元素运用得当，配合出色的演员阵容和制作水平，赢得了广大观众的喜爱和好评。该季收获了艾美奖和金球奖等多项奖项，被视为该系列剧的经典之一。